Vasily Mikhaylovsky

1. Можно фильтровать то, что отдает сервер дизайн документом:

remoteDb = new PouchDB('http://remote.com/db')
remoteDb.put({
"_id": "_desing/my_filter_doc_name",
  "filters": {
    "my_filter_name": "function(doc, req) { return doc.user_id === req.query.user_id }"
  }
})

localDb = new PouchDB('local_db')
localDb.replicate.from(remoteDb, {
   filter: "my_filter_doc_name/my_filter_name",
   query_params: {
     user_id: "xxx"
   }
})

2. Лучше разделять данные пользователей по базам данных