Это не очень-то и простая операция, не понятно, что делать с дочерними узлами если корень отфильтрован. Но в любом, случае ExtJS4 API говорит, что в конфигах у
Ext.data.TreeStore есть filters. Если по каким-то причинам он вам не подойдет, вы всегда можете просто рекурсивно проходить по дереву и прятать/показывать все, что вам нужно.