TerrorDroid

Если я не ошибаюсь, то раньше был хак с использованием javascript, который позволял реализовать то, что вам нужно, в iOS 4.X его закрыли, более новых решений не видел — скорее всего обойти проблему нормальным образом не получиться.

Если я ничего не путаю, то функционал стандартного плеера невозможно расширить (по крайней мере без джеилбрейка), поэтому остается использовать сторонние плееры, вроде Golden Ear (он, кстати, заявляет поддержку CUE файлов).