Какими средствами создаются сложные онлайн конструкторы сайтов,
Ну вот нанимают программиста, платят зарплату, он пишет код. Все просто.
учитывая защиту от воровства конечного содержимого верстки и JS сценариев?
Никак вы ничего не защитите. Просто забейте.