На случай, если кто столкнется с такой же проблемой - мне помогло решение отсюда
https://serverfault.com/questions/796742/connect-t... Александр не расписал, что сделал, поэтому оставлю ссылку тут. Насколько я понял, когда postfix запускается с параметрами "chroot = y" в конфиге, для него родительской директорией становится /var/spool/postfix и из-за этого он не видит папку var/run/opendkim.
