DHCP можете оставить на роутере, а DNS лучше держать на контроллерах домена, так меньше головняка и багов с обновлением служебных dns записей. Если хотите что бы оба контроллера существовали в одной сети, то или указывайте на компах статикой необходимые dns серверы, либо в DHCP reservation указывайте разные опции для компов из разных доменов.