Ставить свой Exch к каждый филиал мне кажется большим расточительством бюджета нежели выделить отдельную машину в роли DC( AD, DHCP, DNS) в каждый филиал и простенький шлюз типа MikroTik.
А так: каждый филиал - отдельный сайт. Если очень хочется - сделать поддомены (site1.contoso.com, site2.contoso.com, и т.д.)