1. Посмотреть версию конфигурации.
2. Найти MD файл от типовой торговли и склада той же версии.
3. В конфигураторе выбрать объединение.
4. ???
5. Profit!
Купить минисервер 1С (до 5 пользователей) www.1c.ru/news/info.jsp?id=17577, например.
Ну или купить бубен и попробовать водрузить файловую 1С на линукс.