Я занимался прототипированием UX сайта (не UI) в Axure, но теперь это делаю в HTML с помощью фреймворков.
Преимущества:
Можно тестировать на всех устройствах
Можно подключать логику или ставить на CMS сразу
Уменьшение времени на вёрстку за счет повторного использования кода, если UI-дизайн сильно не отличается.
Недостатки:
Увеличение сроков до двух раз.
Итог: нужно ускорение? работайте с бумагой