Как вы отправляете письма с сайта? Если используете яндекс, то лучше настроить отправку по smtp, тогда письма будут уходить с серверов яндекса и подписываться там. А если отправляете локально (phpmail, sendmail, exim и т.д), то у вас письма идут с вашего локального почтового сервера и соответственно DKIM подпись надо делать на сервер свою и размещать на ДНС публичный ключ. Чтобы таким не заморачиваться прощу юзать smtp, тогда все будет ок.