Стопните все апачики и пхп-фпм, если они есть, чтобы с базой ничего не работало. Остановите сам мускль и заархивируйте на всякий случай /var/lib/mysql, чтобы если что-то пойдет не так можно было вернуться к исходному состоянию.
Потом запускайте бд с innodb_force_recovery от 3 до 6 и делайте дамп, начните с 3, если дамп не сделается, то повышайте.
Если совсем все плохо и дамп не делается даже на 6 уровне, то надо сливать потаблично. Если и так не сливается, часто всякие большие таблицы логов, то можно у них слить чисто схему таблицы --no-data ключ.
Потом все останавливаете, удаляйте файлы ibdata, ib_log*, и все файлы с расширением .ibd, стартуете мускль в нормальном режиме и загружаете дампы.
