Попробуйте в головном шаблоне страницы, где подключаете пакеты определить команды для выравнивания содержания страницы с конкретными отступами от краев, возможно исправить проблему. Например:
/headheight=0.5cm % Место для контитула
/headsep=0.5cm % Отступ для контитула
/usepackage [right=1cm, left=2.5cm, top=2cm, bottom=2cm]{geometry}
Возможно получится, размеры принял из стандартов написания дипломных работ, научных статей, можно поиграть с параметрами.