на счет этого php-шного инсталлера я не скажу вам
но то что произошло дальше: вы видимо поломали переменную окружения PATH которая является списком путей по которым bash будет пытаться найти исполнимые файлы
если никакие команды не работают - это значит что пути к ним не находятся в переменной PATH
то есть скорее всего вы ее перезаписали чем то странным
проверить содержимое этой переменной можно так
echo $PATH
поидее вы можете открыть еще один терминал и там сделать echo $PATH и сравнить результаты
думаю они будут отличаться
как пофиксить? два варианта
1) закройте первый терминал и все
те изменения которые вы делали существуют только в той терминальной сессии
в новом терминале все начнется с начала
2) скопируйте значение переменной PATH из второго терминала и сделайте в первом
export PATH=<все пути>
после этого все должно вернуться на круги своя