Связывать JS и PHP.. Это разные языки, разные направления разработки! Да, они могут взаимодействовать через AJAX, но это совсем не обязательно. Лучше сначала выучите yii2. А JQuery можно выучить очень быстро. Я с хорошей книгой познал эту библиотеку за несколько дней.