Помимо РСУБД, мы используем MongoDB. Замечательная и быстрая штука, которая позволяет хранить коллекции из деревьев любой формы, строить индексы по любым их узлам, легко масштабируется горизонтально, имеет довольно мощную систему запросов на чтение и обновление. Недостаток — отсутствие джойнов, проблемы с агрегацией, они решаются путём предварительной агрегации при изменении данных или переучётом по крону.