Можно вместо
$db->query("UPDATE score SET score = score + $klik push = push + 1 WHERE vk_id = $ids LIMIT 1");
$db->query("UPDATE score SET score = score + $klik push = push + 1 WHERE vk_id = $ids LIMIT 1");
обновить score за один раз
$db->query("UPDATE score SET score = score + $klik + $klik, push = push + 2 WHERE vk_id = $ids LIMIT 1");
Можно вместо DELETE FROM timer и INSERT INTO timer сделать один раз update (если у вас таблице timer нет повторяющихся записей с одинаковым vk_id).
А объединять запросы к timer и score смысла нет, скорее всего.