WooCommerce система скриптов твердо завязана на классах и их соблюдении на страницах. Вероятнее всего, в файлах темы/woocommerce/checkout изменили очередность, отключили хуки или вообще убрали куски. В общем у вас либо кто-то криво тему сделал, либо вукомерц обновился и шаблоны теперь иначе работают. В любом случае, могу посоветовать перебрать файлы переопределяющие дефолтные в папке темы и проследить чтобы все хуки выполнялись.
