Действительно, затруднения с некоторыми доменными зонами существуют. Всё решилось после переписки с поддержкой яндекса. Позволю себе привести выдержку из переписки:
На данный момент из-за введения новых правил для доменов в зонах RU и РФ регистраторы скрывают контактный адрес электронной почты, поэтому подтверждение владения через контактные данные Whois для таких доменов не работает.
Всё решилось после переписки с поддержкой яндекса.
Вот алгоритм для свежекупленного домена, пригодится он тому, у кого жизнь осложнена отсутствием бесплатных DNS у регистратора и у хостера.
Связался с поддержкой яндекса. Попросил помочь с подтверждением домена. Предложили указать во WHOUS домена реальный mail, после чего отправили мне проверочный код через форму (форма отправки письма администратору домена) регистратора. Переслал проверочный код в поддержку. Домен подтверждён.