Сам спросил, сам разобрался. Дело было в локальной настройке сервера, в настройках GRUB во время тестов прописывали опцию isolcpus=0-30, которая запрещала системе использовать эти ядра, в результате системе оставалось только одно, 31-е ядро. Убрал опцию, и теперь clickhouse использует все ядра.
