Skrolea

Мне больше нравится когда разбито помодульно
--- moduleName
-----config
-----controllers
-----models
...
Или даже так
https://github.com/meanjs/mean/tree/master/modules...

Мне вот такой тут (на Тостере) посоветовали такой https://github.com/larsonjj/generator-yeogurt
Sass (scss), gulp, browser-sync, но jade (хотя можно отключить)

Скорей всего у вас уже будет там Apache и вы просто "доставите" туда node.js из репозитория

Я, конечно, начинающий, так что извините, если глупость сморозил, а в чем проблема устанавливать NODE_ENV в package.json, например? Типа этого:

"scripts": {
"prod": "NODE_ENV=production",
"dev": "NODE_ENV=development"
},

Ну это для linux, для windows set

"scripts": {
    "prod": "SET  \"NODE_ENV=production\" ,
    "dev": "SET \"NODE_ENV=development\"  
  },

а, да. У вас не windows
P.S. я бы всё равно сделал

npm install jade --save
npm install