Михаил

Диск можно зашифровать. VeraCrypt, BitLocker и прочие.
В идеале, чтобы была возможность ввода 2-х паролей. Один открывает реальный диск, а другой открывает фейковый. Это может помочь при терморектальном методе. Но на фейковом разделе тоже нужно поддерживать видимость работы в нём, иначе раскусят

Используйте готовые библиотеки, не нужно придумывать велосипед, если вы не специалист в этой области

Вспомнились статьи
Вы опасно некомпетентны в криптографии
Почему я не лезу в криптографию

Кроме encf4 ничего годного больше нет, есть разве что оболочки, которые его используют. Например, boxcryptor, но он платный и закрытый. Зато там encf4 подпилен и получше с шифрованием.

Самые жёсткие способы:
1. Разрешить запуск ПО только по логину/паролю (регистрация на сайте, работать без инета не будет)
2. Привязка к железу
3. Упаковать и обфусцировать весь код

Далее 2 варианта:
1. Вынести весь важный функционал на сервер, само приложение по такой схеме будет просто клиентом, ничего не умеющим, кроме как выполнять запросы на сервер и отображать данные.
2. После авторизации выгружать из интернета dll прямо в память (упакованную и обфусцированую), обнаруживать любую попытку перехвата и банить без разбора. (таким образом защищены приватные читы для игр, но это менее надёжный способ, чем первый. Т.к. перехватить все равно возможно)
Можно сочетать 1 и 2 вариант.

В таком случае (если не вынести все на сервер), взлом тоже возможен, но он достаточно дорогой, и не целесообразен в большинстве случаев.