Пришёл к решению, как и сказал
Дмитрий настройка nginx'a оказалось верной, проблема была в том, что при установкe phpmyadmin с помощью apt ставится последняя версия php и сокета для него (8.1) и заставляет все работать на нём попутно ломая конфигурацию Phalcon, пропадают phalcon.so и сам модуль phalcon из списка модулей php при использовании php -m в терминале.
Помогла повторная компиляция фалкона, автоматически добавляя недостающие фрагменты.
