Shockoway

Судя по всему вам необходимы модальные окна.
Такие окна при создании блокируют доступ ко всем остальным окнам до тех пор пока вы его не закроете, что соответственно исключает проблему дублей.

Стандартный TextArea не поддерживает возможность задавать содержимому разное оформление, строго одно на всё.
Поэтому остается либо использовать стороннюю реализацию, например RichTextFX, либо какой-нибудь HTMLEditor

Я, в общем-то, не любитель "видосиков", но лично мне с принципами работы JavaFX помог разобраться небольшой плейлист на youtube
Остальное, как мне кажется, можно прочесть и в документации.