Shmele

В PyCharm 2016.2.3 работает команда 'Change File Language'. Шортката для неё по-умолчанию не нашёл.
Вызвать можно так: Ctrl+Shift+A -> набираете 'Change File Language' -> Enter.

Появится меню с выбором типа текущего файла.

Могу сказать, что с py.test-ом coverege в PyCharm работает корректно. Совпадает с результатами на Jenkins-е.
Но у меня проекты локально запускаются, а не удалённо в контейнере. Может быть в этом дело. Попробуйте локально тест провести.
С TestCases не проверял.