Можно держать домен и хостинг в разных конторах, при этом продление услуги хостинга и домена будет выполняться в разных панелях. Домен просто делегируется на dns серверы хостера сайта или в панели регистратора домена настраивается dns записи по рекомендации хостера.
Можно запариться и перенести домен на договор с другим регистратором, с которым работает хостер сайта и продлевать все в одной панели. Но это гемор, бумажная волокита и выигрыш по деньгам нивелируется.
Просто найдите хостера, который дает домен в подарок при оплате некоторого периода услуги.