Вопрос решён. В домене использовались в качестве основных групп глобальные группы отделов. Решение проблемы таково, создал локальные группы безопасности в домене, добавил пользователей, далее в самом openfire "Пользователи/группы - группы", путём нажатия на название группы, зашёл в её редактирование, где в блоке "Общий список" выставил значение "Включить общий доступ к спискам контактов группы", вводим значение группы какое хотим видеть в списке контактов мессенджера с установленным флагом "Все пользователи". Ну и собственно применяем настройки. Сие действия проделываются на каждую из проблемных групп.