Я делаю так, в клонированый репозиторий сливаю уже с галпа готовые файлы. А сам проект в верстаю в другой директории где все модули, зависимости и т д. В галпе прописываешь конечный путь твой локальный репозиторий и туда стреляешь галпом. Потом пушишь в гитхаб со своей локальной репы