битрикс не ставится в подкаталоги 1 курс
что касается доменов 3 уровня выкиньте эту книжку индексируется все одинаково.
Теперь о СЕО
С этой точки зрения вам вообще лучше вообще объединить два сайта посколкьу раскручивать один проект в той же тематике лучше чем два, если же их два то субдомен сделайте для того сайта который меньше приносит денег.