1 . у вас вирус на сайте. htaccess всего лишь его следствие
Удалите вирус и после этого лечите .htaccess
2. Способов решения проблемы несколько и все они трудно описываются
я вам рекомендую сражу самый легкий варикнт
Поскольку файлы редко редактируемые,а с главным .htaccess я уж думаю вы руками разберетесь.
ТО
Востанавливаем из бэкапа все файлы .htaccess сохраняя структуру
фактически мы скопируем только эти файлы со структурой, тобиш каждый в свой каталог.
Переходим в распакованый бэкапа
find . -name ".htaccess" -print0 | xargs -0 cp --parents --target-directory /tmp
Далее если все правильно распокавалось тупо копируем все это поверх вашего сайта, или сразу указываем вместо /tmp путь до сайта
На этом лечение самого .htaccess будет закончено и вам нужно будет заняться лечением вируса
наберите в интернете
ai-bolit.php и желаю удачи.