Лучше в отдельной папке, многие верстальщики в конторах делают именно так, потому что пользуются Sass и Gulp. и они имеют привычку создавать для каждой секции на лендинге свой файл со стилями. Даже если Вы так не делаете, то учтите, что потом будет отдельный файл с медиа-запросами, а если сайт многостраничный и страницы сильно отличаются, то для каждой страницы тоже отдельный файл со стилями. Если Вы будете все писать в одном файле, то скоро Вы сами там запутаетесь. а если возвратитесь к нему через некоторое время то тем более, Вы дооолго будете искать что и где подправить. Так что лучше все стили складывать в отдельную папку.))) Для скриптов тоже отдельная папка, как и для картинок, и для шрифтов тоже. Если все будет рядом с index.html, то будет винегрет)))