Потом вызывается функция "ОбменССайтомПереопределяемый.ОбновитьСоздатьДополнительныеСведенияЗаказа(), в которою передаются все нужные данные. Но сама функция пустая, в ней нет кода.
Всё правильно. Это переопределяемый метод.
Стандарт #469 - "Правила создания общих модулей":
...
3.2.4. Серверные и клиентские модули библиотечных конфигураций (которые предназначены не для самостоятельного использования, а для разработки других конфигураций) с процедурами и функциями, допускающие изменение своей реализации, именуются с постфиксами "Переопределяемый" (англ. "Overridable") и "КлиентПереопределяемый" (англ. "ClientOverridable").
Например: РаботаСФайламиКлиентПереопределяемый, FilesOperationsClientOverridable.
...
Еще в
#553 об этом есть.
По сути, это "легальная" точка интеграции с библиотекой. Как раз для переопределения поведения сторонним разработчиком. Поэтому, вам надо искать в другом месте, либо где-то до вызова этого метода, либо, возможно, после.