fmt.Print* для вывода использует stdout (os.Stdout), а log.Print* выводит в stderr (os.Stderr). Если вы действительно используете стандартный пакет log, то видимо os.Stderr где-то заменяется другим файлом (возможно это делает одна из сторонних библиотек). Проверить это можно легко: попробуйте записать что-нибудь уникальное в os.Stderr (после того, как закончатся все инициализации) и посмотреть куда это выведется.
