Решил что систему лучше держать на небольших отдельных дисках, 256 Гб в pcie-m2 переходнике или сата диск. Недавно загрузился с террабайтника и с удивлением обнаружил что Ардуино Иде заработало! Без каких-либо усилий.
В общем так и не понял что это было, ну разве что высшие силы намекнули что не стоит складывать все яйца в одну корзину!
Так что система осталась на случай всякий...