SegaZero

галка «взаимодействовать с рабочим столом» в виста и выше попросту не работает. Советую запускать с помощью планировщика задач к примеру: апи? у gunsmoker'a хорошо написано об этом

для форматирования лучше DelForEx пока нет
чистка uses насколько я помню возможна в CnPack
а вот удаление закомментированного кода легко сделать любым редактором, поддерживающим регулярки. Например заюзать поиск в GExperts по \(\*.*\*\) и когда появятся результаты сделать замену на пустую строку (там есть пункт replace all items)
неиспользуемый код лучше всего удалять специализированным софтом. AQTime тут выше уже давали, могу посоветовать еще Pascal Analyzer

а вообще, рефакторинг — это занятие долгое, нудное и сложноавтоматизируемое