У меня есть некоторые предположения что Вы просто отправляете данные в огромном "числе раз". Cкорее всего не верно написан Евент по которому отправляются данные, что приводит к "провисанию" сервера.
1) Скиньте весь код js.
2) Посмотрите в консоли разработчика вкладку Network и кол-во запросов и ответов.
3) Используйте PDO, в данном случае это не имеет отношения, просто совет.