Не совсем понимаю задачу, если Вам нужно закрепить блоки header и footer то используйте абсолютное позиционирование и padding в процентах которые Вам нужны, в родительском блоке. Или объясните конкретней задачу
Код у Вас, мягко говоря ужасный.
Если Вы уже используете jQuery то используйте его, а то у вас то чистый JS то jQuery, да еще и setInterval, зачем он там ума не приложу, есть же событие scroll.
Перепишите код, согласно примеру выше.
