У меня тоже такая проблема с своём сайтом
Kinotv.co . Уже примерно неделю нет фавикон в поисках гугл.
Наверное нужно написать отдельное тег разрешения (Allow) на путь фавикон в robots.txt до того когда в алгоритмах гугла все вернутся на порядок.
Ещё вижу у хабра тоже пропал фавикон:
