Сардар

Acrhive база это всегда full table scan. Зато они очень быстрые на добавление. Любое выражение ORDER BY на такой таблице это merge sort со сливом во временные файлы кучи данных (по сути построение индекса на лету), а значит долго. UNION ALL не будет будет сортировать несколько выборок сразу, он просто соединяет результаты. С другой стороны, все ваши таблицы содержат данные только одного интервала, а значит все записи таблицы со старшей датой будут старше записей любой другой младшей таблицы. Тогда просто UINION ALL всех таблиц в порядке даты даст вам нужный результат.

SELECT t.id, COUNT(*), SUM(t.ct)
FROM (SELECT l.id, y.value, COUNT(*) as ct
    FROM links l
    INNER JOIN history_yap y ON l.link_id = y.link_id
    GROUP BY l.id, y.value) t
GROUP BY t.id
UNION ALL
SELECT l.id, -1, -1
FROM links l
LEFT JOIN history_yap y ON l.link_id = y.link_id
WHERE y.id IS NULL;

Логика почти та же, но во внутреннем запросе мы также считаем сколько всего было записей в links X history_yap. Также добавлен второй запрос на ссылки без каких либо записей в history_yap. В результате имеем таблицу с тремя колонками:
* link.id - искомое
* количество уникальных значений. Если -1, то в history_yap для этого links.id не было ни одной записи. Если больше 1, то есть минимум два history_yap для этой ссылки с разными значениями. Если 1, то смотрим на третью колонку.
* количество строк в links X history_yap для каждого links.id. Если во второй колонке 1 и в третьей колонке 1, то для этого links.id есть всего одна запись history_yap. Все остальные значения игнорируем.

P.S. ответил новым постом, т.к. в комментариях код не добавить.