Посмотрите в сторону тегов. Вы можете держать файлы так, как вам удобно, но каждый год - тегировать ревизии номером года. Так в папке 2012 все файлы будут с тегом 2012 и вы их сможете найти по тегу. Если в 2013-ом году вы изменяли файл из папки 2012, то у этого файла будет версия с тегом 2012 и с тегом 2013. И так далее.
Возможно, это стоит совместить с решением kaasius. Также верно, что использование git для бинарных файлов - это нецелевое использование.