Один сай = один пользователь. Нечего им шариться между собой.
Соответственно скрипты должны запускаться от имени владельца файлов.
А то у нас модно настраивать LAMP по заветам какого-нибудь Digital Ocean.
Где Apache mpm-prefork + mod_php
Если это домашняя директория пользователя, то и запускать надо от этого пользователя.
Забудьте вы уже про эти www-data. Запускайте по-человечески.
php-fpm, fastcgi, mpm-itk и т.п.
Fedora более или менее свежая. Никогда с ней проблем не было. Железо только должно быть не сильно экзотическое.
Ну или что-то из отечественных. Alt Linux, Simple Linux
Попробуйте скомпилировать. www.pyinstaller.org
Я psutil так на разных дистрибутивах использую. Но у меня один простой скрипт.
Скомпилированный в Centos 7 подходит под актуальные версии Debian/Ubuntu/Centos.