Если вы ищите серебрянную пулю, то её нет. Кто как хочет, так и делает.
Дизайн, верстка и программирование всегда идут параллельно. Чтобы не причинять друг-другу боль.
Что касается коммерческих сайтов. Кто ими занимается, для себя уже выработали все алгоритмы. Это приходит с опытом.