Ну так за что вы их убили, не посмотрели сначала где они находятся?
Ищите теперь xmrig на сервере и убивайте. Правда раз его залили, то искать дыру надо на сайте каком-нибудь или пароль от сервере менять на нормальный. Просто удаление ничего не даст, ровно так же зальют обратно.
И как вообще удалять вирусы на удаленном сервере? Выкачивать себе что ли?
шта?