SabMakc

Для MS SQL можно использовать такой запрос:

select link_id, sum(case NUM when 1 then [date] when 2 then [date]*(-1) else 0 end)
from (select ROW_NUMBER() over (PARTITION BY link_id order by [date]) as NUM, link_id, [date] from [log])t
group by link_id

Какая скорость в SQLite?
Вставки идут в рамках одной транзакции?

Использовался ли prepared statements? Он позволяет 1 раз распарсить ваш запрос, а потом только данные для вставки меняются.

P.S. странное решение — парсить XML в тех случаях, когда мало SQLite.
XPath на мой взгляд будет гораздо дольше + может памяти не хватить.

В каких целях будете использовать эти данные?
Если в выборке нужны условия, то от SQLite не уйти.
Вообще SQLite — специализированное хранилище, т.е. его скорость вряд ли удастся обойти.
Только если использование этих данных специфическое, то только тогда есть шанс построения специального хранилища, которое по скорости обойдет SQLite.

В одном проекте использовал protobuf, но не в целях ускорения выборки, в целях прототипирования — можно сразу генерировать классы для работы с данными. В результате так и остался на protobuf — скорость оказалась вполне приемлемая.