Насчет PHP... Немного не честный тест ... Вы проверяли выполнение запроса на на платформе V8 ... Сервер как я понял на ноде вам был не к месту.. Поэтому логично было бы сравнить выборку из пхп через интерпретатор в консоли а не через браузер и HTTP сервер Апач, Нджинкс..
Как писали выше - обе технологии совершенно разные (асинхронные и синхронные) .. Но если хотите сравнить реально, то отключите кэши и все возможные надстройки, Апач и нджинкс никак не относиться к PHP...
К PHP вы добавили довольно солидный оверхед