Ой, сколько повидал я людей "у меня все велосипеды свои, родные, зачем мне что-то еще".
1. Поставить какой-то пакет в одну команду – самое очевидное. Не запариваться с архивами.
2. Обновление в одну команду. При том, если что-то пойдет не так, можно быстро откатиться.
3. Зависимости сторонних пакетов. Не придется иметь несколько копий одной и той же библиотеки.
4. Удобный встроенный автолоадер.
5. Удобство развертки. В репозитории хранится только ваш собственный код, который быстро деплоится на сервер, а там уже ставятся все необходимые зависимости.