Не уверен, как там в генте, но я сталкивался с такой системой — каталог /etc/rcX.d (где X — runlevel). Там лежат симлинки на скрипты в init.d, имя симлинков составляется по правилу «SXXblahblah» || «KXXblahblah», где 'S' или 'K' — стартовать при загрузке или отключении, XX — порядковый номер (больше — позднее).