папка по умолчанию для размещения виртуальных машин в virtualBox может быть различной.
поищите на Вашем компьютере файлы с расширением ".vbox"
это файлы с описаниями виртуальных машин.
все файлы внутри папки содержащей файл .vbox" и будут составлять одну виртуальную машину.
Т.е. для удаления машины надо удалить папку в которой содержится файл с расширением ".vbox"
Если не знаете как искать файлы вот статья
pc-users.ru/windows/poisk-fajlov-v-windows-7.html
в поле поиска ввести "*.vbox"