Файлы лучше хранить в файловой системе. Ощутимый бонус от хранения файла в ФС - можно отдавать напрямую веб-сервером (nginx, apach, etc), не надо для этого куда-то лезть.
Если уж не помещается или нужны какие-то особые фишки - тогда можно и GridFS или другие инструменты.