RidgeA

У меня варианта 2:
1. в $class не имя класса.
2. PDO пытается вызывать конструктор класса User, которые требует MySqlDatabase $db, передать ему нечего и возникает ошибка. Попробуй так:

$data = $stmt->fetchAll(PDO::FETCH_CLASS, $class, [$this]);

1. Пройтись foreach по массиву $_POST, выбрать нужные занчения, сформировать строку для "SET" и сформировать запрос.
2. Вставлять данные из POST в mysql запрос - огромная дырища в приложении - могут запросто дропнуть базу, использйте, хотя бы filter_var и PDO

Возможно таблицы уже не консистентны, и та таблица, в которую добавляется ключ уже содержит id, которого нет в в таблице, на которую ссылается ключ