RidgeA

не вижу ничего плохого в простом и понятном коде.

но если очень хочется - можно попробовать что-то вроде
https://golang.org/pkg/text/template/

есть такая штука как https://golang.org/pkg/plugin/
не знаю подойдет ли, но если подойдет - то разделить приложение на 2 части - одна - веб-сервер, вторая - вся логика, которая подключается как плагин. Вот его, насколько я понял, можно менять по-горячему

Если не подойдет, и вопрос сохранения соединений критичен, то все-равно разделить на две части, но они между собой должны общаться по какому-то IPC каналу (tcp/unix/whaterver). Это позволит вторую часть перезагружать не трогая первую.

не знаю как лучше, но я бы это отсортировал в порядке зависимостией и поочереди выполнял бы методы.

[
    {
        "method": "controller:method1",
        "params": {},
        "id": 1
    },
    {
        "method": "controller:method2",
        "params": {},
        "id": 2,
        "wait": 1
    },
    {
        "method": "controller:method2",
        "params": {},
        "id": 3,
        "wait": 1
    },
    {
        "method": "controller:method2",
        "params": {},
        "id": 4,
        "wait": 2
    }
    {
        "method": "controller:method2",
        "params": {},
        "id": 5
    }
]

привести к виду

[
  [
    {
        "method": "controller:method1",
        "params": {},
        "id": 1
    },
    {
        "method": "controller:method2",
        "params": {},
        "id": 5
    }  
  ],
  [
    {
        "method": "controller:method2",
        "params": {},
        "id": 2,
        "wait": 1
    },
    {
        "method": "controller:method2",
        "params": {},
        "id": 3,
        "wait": 1
    },
  ],
  [
    {
        "method": "controller:method2",
        "params": {},
        "id": 4,
        "wait": 2
    }  
  ]
]

а потом уже как-то так

for _, step := range steps {
  for _, f : range step {
    f.method(f.params)
  }
}

что-то похоже на на графы и топологическую сортировку

Никак.
Нельзя отловить SIGKILL.

Об этом написано в самом начале доки https://golang.org/pkg/os/signal/.

Надо сделать systemd unit-file, где в качестве выполняемого файла указать бинарник.
Как сделать unit-file - погугли.
Если надо просто запустить задачу в фоновом режиме что бы она что-то сделала - есть screen, можно запустить просто в фоновом режиме.

не уверен, но может быть из-за того, что data_json это []byte